מערכת החינוך של קיבוץ החותרים מונה חמישה גנים בהם מתחנכים 110 ילדים. בראש המערכת עומדת מנהלת מקצועית וגם הגננות ומובילות הצוותים הינן מקצועיות ומתעדכנות שנה בשנה.

בכל גן מתחנכת קבוצת גיל אחת, כלומר: כל הילדים הם בני אותו שנתון, כאשר בגן הבוגר מתחנכים גילאי ארבע עד שש במימון ופיקוח משרד החינוך.

הבתים המשמשים כגנים אמנם ישנים, אך מרווחים ומספר המטפלות מותאם למספר הילדים באופן המאפשר לטפל בכל ילד ולהטות אוזן קשבת לצרכים האישיים של כל משפחה.

אנו פועלים מתוך תפישה כי הילד לומד דרך מפגש עם סביבתו, צפייה והתבוננות ועיבוד החוויות שחווה. סדר היום בגנים קבוע וכולל טיול ופגישה עם אנשי המקום, בעלי המקצועות ובעלי החיים שמסביב. עיבוד החוויות מתרחש בהמשך בחצר הגרוטאות, בארגז החול ובפינת משק החי.

התוכנית הלימודית מותאמת לגיל ההתפתחותי וכוללת את חגי ישראל ונושאים המעסיקים את הילדים בחיי היומיום, כמו: לידת אח חדש, חילופי עונות ועוד.

חשוב לדעת כי תנאים אלה יוצרים מערכת חינוך איכותית שעלותה גבוהה.